Kegiatan ekstrakurikuler merupakan salah satu alat pengenalan siswa pada hubungan sosial. Di dalamnya terdapat pendidikan pengenalan diri dan pengembangan kemampuan selain pemahaman materi pelajaran.
Berangkat dari pemikiran tersebut, di MTsN Aryojeding diselenggarakan berbagai kegiatan ekstrakurikuler.
Selain OSIS sebagai induk kegiatan ektrakurikuler di sekolah, kegiatan ektrakurikuler lainnya adalah:

- Pramuka
  Dilaksanakan setiap hari jum'at, jam 14.30

- Palang Merah Remaja (PMR)
  Dilaksanakan setiap hari Ahad, jam 07.00

- Olahraga (Bola Voli, Bola Basket, Futsal, Atletik, Tenis Meja)
  Dilaksanakan 3 kali dalam 1 minggu

- Pembinaan Olimpiade
  Dilaksanakan setiap hari sabtu, setelah pembelajaran selesai

- Drum Band
  Dilaksanakan setiap hari jum'at, jam 14.30

- English Club
  Dilaksanakan setiap hari sabtu, setelah pembelajaran selesai

- Seni Baca Al Qur'an
  Dilaksanakan setiap hari Ahad, jam 07.00

- Sholawat dan Hadroh
  Dilaksanakan setiap hari sabtu, setelah pembelajaran selesai

- Kaligrafi dan Melukis
  Dilaksanakan setiap hari sabtu, setelah pembelajaran selesai

- Band
  Dilaksanakan setiap hari sabtu, setelah pembelajaran selesai

- Majalah dinding dan Majalan Madrasah "KISS"
  Dilaksanakan setiap hari sabtu, setelah pembelajaran selesai